通关一周目后，二周目的开启条件需要玩家先收集60种以上宝可梦图鉴，大木博士会自动出现并帮助升级为全国图鉴模式。这一机制巧妙地将图鉴收集与剧情推进结合，让玩家在完成基础目标后自然过渡到更丰富的冒险阶段。若未达60种需继续捕捉，这是进入七岛剧情的硬性门槛。
二周目的核心内容围绕七岛任务展开，首站一岛需协助NPC修复通信机器。在灯火山洞窟击败火箭队残党获取红宝石的过程，既延续了对抗火箭队的主线脉络，又引入了新的解谜元素——通过特定路线探索洞窟深处，这种设计让战斗与探索保持平衡。取得红宝石后解锁的彩虹通行证，则成为串联各岛屿的关键道具。
四岛至六岛的探索呈现出递进式难度。冰洞窟的瀑布攀爬需要HM07攀瀑技能，而五岛火箭队仓库的密码破解则采用分阶段获取机制，玩家需在六岛遗迹通过特定走法（如右-上-下-下-右-左-下-左）深入底层取得蓝宝石线索。这种分层任务结构有效延长了游戏时长却不显拖沓。
最终在七岛可挑战训练师之塔的高强度对战，同时华蓝洞窟开放后能遭遇70级超梦。二周目四天王的阵容强度显著提升，如冰天王队伍包含乘龙与迷唇姐的组合，这种后期内容既检验玩家培养成果，也为全图鉴收集提供契机。
二周目的魅力在于将探索自由度与剧情深度结合，七岛地图的解锁让关都地区版图扩展近40%，而神兽捕捉、隐藏技能获取等元素则赋予老玩家持续游玩的动力。这种通过内容增量而非数值膨胀维持游戏生命力的设计，至今仍值得借鉴。
