课程系统是游戏核心玩法之一，目前共有六门固定课程供玩家参与学习，分别是魔法史、魔咒课、黑魔法防御课、魔药课、神奇动物保护课以及占卜课。这些课程不仅还原了原著中的经典教学内容，还通过卡牌对战、剧情互动等形式让玩家沉浸式体验魔法学习过程。每门课程都有独立的教学场景和专属挑战机制，完成课程可获得学院积分、金币、卡牌等奖励，课程评分由通关时长、卡组伤亡情况以及是否完成额外考核内容决定。
魔法史课程以答题形式呈现，考察玩家对哈利波特原著及魔法世界知识的掌握程度，题目涵盖历史事件、人物关系、魔法生物特性等。魔咒课专注于咒语卡牌的实战应用，玩家需要在限定时间内使用指定咒语完成目标，例如漂浮咒控制物体移动或修复咒复原破损物品。黑魔法防御课模拟对抗黑暗生物和黑巫师的场景，要求玩家合理搭配控制与输出类卡牌，其中速速禁锢和飞沙走石等咒语对限制巨怪、炸尾螺等生物的行动尤为有效。
魔药课采用材料收集与调配的玩法机制，玩家需在禁林探索中获取魔药原料，按照特定顺序和比例进行熬制。神奇动物保护课侧重召唤卡与驻场生物的运用，需要玩家同时应对空中和地面单位的进攻，利用蜷翼魔等飞行生物克制对空能力较弱的敌人。占卜课则融合解谜元素，通过茶叶占卜、水晶球观测等方式触发隐藏任务，其中寻找沾满茶叶的宝贝照片等拼图线索需要玩家在城堡主楼与教室间穿梭解谜。
课程参与需要消耗积分资源，该资源随时间自然恢复也可通过宿舍功能获取。宿舍内放置特定卡牌角色可产生金币收益，升级宿舍能提升资源获取效率。魔法电台活动会不定期开放古代如尼文课等特殊课程，这类课程通常需要调整频率收听电台节目后解锁，完成对应挑战可获得限定奖励。禁林探索作为课程之外的补充玩法，其产出的回响材料和线索笔记对提升课程通关效率具有显著帮助。
课程挑战推荐采用分段式策略，将战斗过程划分为准备期、爆发期和收尾期。准备期需快速释放控制技能并调整走位，例如使用速速禁锢限制敌人行动后立即向战场边缘移动。爆发期集中使用高费咒语卡和伙伴卡，卡珊德拉的范围伤害与艾薇的即死效果对BOSS战效果显著。收尾期注意保留移动卡应对突发状况，通过云雾飘渺等隐身手段保障角色存活。无名之书中的三头犬、巫师棋等特殊课程关卡，则需严格遵循剧情提示的走位与卡牌释放顺序。
