初始精灵的选择是游戏进程的关键起点，玩家需要从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟三只精灵中做出决定。这三只精灵分别代表草/毒、火和水属性，各自具备独特的优势和战斗风格。妙蛙种子在早期对抗岩石和水系道馆时表现突出，其草/毒双属性提供了额外的战术灵活性；小火龙虽然前期成长较慢，但进化后的喷火龙拥有极高的攻击力和火系优势；杰尼龟则以均衡的防御能力见长，水系技能在对抗火系和岩石系敌人时效果显著。选择时需要综合考虑个人战斗偏好与游戏进程中的属性克制关系。
游戏早期的地图设计会直接影响初始精灵的实用性。常磐森林和尼比市道馆的敌人主要以虫系和岩石系为主，这使得妙蛙种子的草系技能在前期占据明显优势；而杰尼龟的水系技能也能有效对抗岩石系馆主。相比之下，选择小火龙的玩家需要更注重等级提升策略，因为其火属性在前期地图中发挥空间有限。初始精灵的属性将决定宿敌小茂的选择，他会自动选用属性克制玩家的精灵，这个设定进一步增加了选择时的策略考量。
中期游戏进程中，初始精灵的进化形态将显著影响队伍构建。妙蛙花作为草/毒系终极形态，能学习阳光烈焰等强力技能，但会被飞行系和火系严重克制；水箭龟拥有极高的防御和特殊攻击数值，能学习冲浪和冰冻光束等实用技能；喷火龙则兼具火和飞行属性，虽然存在岩石和水系的四倍弱点，但其高速度和特殊攻击力使其成为后期重要输出手。这个阶段玩家需要开始规划队伍搭配，弥补初始精灵的属性盲点。
关于精灵培养的具体建议，等级提升路线需要根据选择差异调整。妙蛙种子建议优先提升至16级进化成妙蛙草，以便早期掌握藤鞭等关键技能；小火龙需要尽快达到36级进化为喷火龙，这段成长期需要依赖辅助精灵；杰尼龟在16级进化为卡咪龟后即可展现稳定战力。技能学习方面，三只精灵都应尽早掌握各自属性的高威力技能，如喷射火焰、水炮和飞叶快刀，同时搭配一个非本系技能来应对属性克制。个体值和努力值虽然不影响通关流程，但追求完美培养的玩家可以关注这些隐藏参数。
游戏后期的冠军之路和四天王挑战将检验初始选择的最终价值。超能力系和龙系天王的出现使得喷火龙的火系技能价值下降，而水箭龟的冰系技能和妙蛙花的毒系技能则能发挥奇效。这个阶段初始精灵更多作为战术支点而非绝对核心存在，玩家需要依靠完整队伍体系来应对不同属性的敌人。三只初始精灵在通关后的对战设施中表现差异更大，喷火龙凭借高种族值在玩家对战中更受欢迎，而水箭龟和妙蛙花则在特定战术体系中有一席之地。
初始精灵的选择本质上是游戏体验的个性化定制，没有绝对的最优解。偏好稳健推进的玩家可能倾向杰尼龟，追求后期爆发的玩家会选择小火龙，而喜欢属性克制的玩家则青睐妙蛙种子。游戏设计确保了三条路线都能完整体验所有内容，只是挑战方式和节奏有所不同。最终决定应该基于个人游戏风格而非单纯的强度评判，毕竟口袋妖怪系列的核心乐趣在于与精灵共同成长的旅程。
